Den Herren von Eppstein, denen der Besitz der Falkensteiner in Erbfolge zugefallen war, folgten wiederum 1535 die Grafen von Stolberg, die – der Lehre Luthers zugetan – die Reformation einführten.

Seit 1581 gehörte Königstein dann zum Kurfürstentum Mainz. Am Anfang des 17. Jahrhunderts setzte die Gegenreformation ein. Der Ausbau der Burg zu einer mächtigen Festungsanlage wurde fortgesetzt. Im Verlauf der Revolutionskriege wurde die Festung aber 1796 durch eine vermutlich unbeabsichtigte Sprengung von französischen Truppen erheblich zerstört. Durch die kriegerischen Auseinandersetzungen war zuvor bereits die Stadt in Teilen abgebrannt.

Königstein kam 1803 zum Fürstentum Nassau-Usingen, aus dem später zusammen mit Nassau-Weilburg das Herzogtum Nassau entstand. Seit 1866 als Teil Nassaus in preußischer Hand, gehört Königstein seit 1945 zum Bundesland Hessen. Mit der Gebietsreform 1972 verloren die benachbarten Orte Falkenstein, Mammolshain und Schneidhain ihre Selbstständigkeit und wurden nach Königstein eingemeindet.

Mit der Errichtung einer Kaltwasserheilanstalt im Jahr 1851 begann für das zuvor verarmte Königstein ein neuerlicher wirtschaftlicher Aufschwung. Der Kurbetrieb erreichte kurz vor dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges 1914 seinen bisherigen Höhepunkt. Im Jahr 1935 bekam die Stadt Königstein das Prädikat „Heilklimatischer Kurort“ verliehen, das sie noch heute trägt.

Mehr zur Geschichte Königsteins: „Königstein im Taunus – Geschichte und Kunst“, erschienen im Verlag Langewiesche Königstein im Taunus.